Leiria torna-se Diocese e Cidade em 1545, após um período de acentuadas mudanças físicas e sociais.
A expulsão dos Judeus em 1496 por édito de D. Manuel I, para manter o equilíbrio diplomático com Castela, teve repercussão também na sociedade leiriense, com a permanência de um conjunto de famílias de ascendência judaica e estatuto de cristãs-novas. Estas famílias vão-se manter por várias gerações, mesmo com sucessivas perseguições promovidas pela Inquisição, que viriam a afetar, por exemplo, vários parentes do nosso poeta seiscentista Francisco Rodrigues Lobo.
A demolição da Igreja de S. Martinho, associada à construção da Sé de Leiria, por iniciativa do primeiro bispo, Frei Brás de Barros, originou uma das grandes transformações urbanas que marcaram profundamente o desenho da cidade e lhe deram um novo espaço de uso coletivo, a Praça. O palácio manuelino dos Vila Real, elemento marcante nesta praça, sobreviveu até quase ao final do século XIX, mas sucumbiu à força da modernidade e da abertura da praça ao Rossio.